U akciji USKOK-a u sklopu afere Mikroskop uhićeni su samo tadašnji ministar zdravstva Vili Beroš, tadašnji šef neurokirurgije Vinogradske bolnice Krešimir Rotim i poduzetnik Saša Pozder, direktor tvrtke Medical innovation solutions.

Međutim, EPPO je istog dana izdao priopćenje iz kojeg je proizlazilo da je riječ o istrazi koju oni vode mjesecima protiv zločinačke organizacije kojoj je na čelu kontroverzni poduzetnik Hrvoje Petrač, a među osumnjičenima i njegovi sinovi Hrvoje i Novica. Osim njih, istragom EPPO-a su obuhvaćeni i tadašnji šef Klinike za neurokirurgiju Vinogradske bolnice Krešimir Rotim, šef Klaićeve bolnice Goran Roić, poduzetnik Saša Pozder i šef HZZO-a Krapinsko-zagorske županije Tomo Pavić.

Teretilo ih se „zbog kaznenih djela primanja i davanja mita, zlouporabe položaja i ovlasti, te pranja novca, povezanih s javnim nabavama medicinskih uređaja u hrvatskim bolničkim ustanovama“. Ubrzo su isplivali podaci da je ministar Beroš, koji je među osumnjičenicima imao kodno ime „Mali“, za svaki potpis kojim je odobravao kupnju uređaja, to jest robotskih mikroskopa, tražio i dobio 15 tisuća eura.

Zatim je krenula bitka za nadležnost između Uskoka, to jest DORH-a i EPPO-a, to jest između Ivana Turudića i Tamare Laptoš. Odluku o tome da će predmet preuzeti Uskok donio je glavni državni odvjetnik Ivan Turudić 19. studenoga. Turudić je tvrdio da je Uskok započeo samostalne izvide, da se postupanje odnosilo na pet zdravstvenih ustanova u državnom vlasništvu te da je iz državnog proračuna Republike Hrvatske isplaćen iznos od 1.408.098,58 eura. Također, inkriminirane javne nabave u KBC-u Sestre milosrdnice, Klinici za dječje bolesti Zagreb i KBC-u Osijek financirane su iz državnog proračuna Republike Hrvatske, dok su sredstva za nerealiziranu javnu nabavu u KBC-u Split osigurana dijelom iz državnog proračuna, a dijelom iz europskih fondova.

Turudić je istaknuo i da im EPPO nije prijavio da provodi istragu te da je zato došlo do samostalne istrage Uskoka.

Nakon te Turudićeve odluke, europska tužiteljica Tamara Laptoš zatražila je zaštitu za EPPO-ove tužitelje koji istražuju aferu Mikroskop.

Na upit novinske agencije Hina, europski tužitelji su odgovorili kako ne komentiraju mjere zaštite za svoje tužitelje “iz očiglednih razloga“.

Nakon što im je Turudić oduzeo istragu, EPPO je izvijestio da je europska tužiteljica u vezi tog slučaja uputila formalno pismo Europskoj komisiji.

U pismu Europskoj komisiji tužiteljica Laura Kövesi navela je da je Turudić “dodatno pogoršao situaciju”. Rekla je da je Turudić svoju odluku temeljio isključivo na tumačenju Uskoka ne dajući priliku EPPO-u da izrazi svoje stajalište, čime je narušio nepristranost rješavanja sukoba, kao i da Uskok nije prijavio istragu o projektu financiranom iz sredstava EU-a, čime je prekršio svoje obveze iz Uredbe o EPPO-u. Upozorila je i da je određivanje glavnog državnog odvjetnika kao tijela za rješavanje sukoba nadležnosti u suprotnosti s pravom EU-a.

Od tada do danas ni iz EPPO-a, ni iz DORH-a, nisu se oglašavali o aferi Mikroskop, a Uskok još nije podignuo optužnicu u tom predmetu.